Les Guerres de Religion sont une série de conflits opposants les Catholiques et les Protestants de France dans des conflits sanglants pour des raisons théologiques mais aussi sociales et politiques. Ces évènements vont bien sûr toucher l'Auvergne où ils vont durer de 1560 à 1596. La Province est peu touchée par la Réforme mais des Protestants viendront d'autres régions pour augmenter les rangs des locaux contre la majorité Catholique.
Contexte : au début du XVIème Siècle, le Moine et Théologien Allemand nommé Martin Luther, dénonce les abus de l'Eglise Catholique et affirme que la Foi ne devrait être basée que sur le contenu de la Bible. Après moult conflits avec sa hiérarchie, il est officiellement excommunié, ce qui le pousse à continuer dans sa voie, insistant sur le fait que les Saintes Ecritures seules font autorité en matière de religion, elle devrait donc être traduite du Latin vers les langues nationales, et que le Croyant n'a pas besoin d'intermédiaire pour vénérer Dieu. Il prône également une société plus égalitaire et plus austère en dénonçant, entres autres, le parasitisme des institutions Romaines et la vie de débauche à laquelle se livrent beaucoup de Chrétiens. C'est le Protestantisme Luthérien ou Luthérianisme. A cela s'ajoutera le travail du Théologien Français Jean Calvin, qui aura une influence certaine sur le Protestanisme dont l'une des branches portera son nom : le Calvinisme. Cette pensée insiste sur le fait que les hommes sont prédestinés au Péché et que la Foi et la lecture de la Bible seules ne suffisent pas à sauver l'Ame, c'est la grâce de Dieu qui est déterminante. D'autres branches minoritaires se développeront aussi. Ce qui va finir de mettre le feu aux poudre, c'est la dénonciation de l'Iconoclasme des Catholiques, car il est clairement stipulé dans la Bible qu'on ne doit rendre un Culte qu'à Dieu et qu'il est interdit de vénérer quoique ce soit d'autres, il est aussi interdit de représenter l'Eternel et de prier des idoles taillées. Or c'est exactement ce que font les Papistes en représentant Jésus sur la Croix ainsi qu'avec leur Culte des Saints incluant images, statues, reliques, processions et autres superstitions, ils sont de fait accusés d'Hérésie et de Paganisme, donc d'éloigner les Croyants de la Vraie Foi. Une partie des Protestants dont la plupart des Calvinites vont mettre un point d'honneur à saccager les Eglises et détruire tout ce qui se rapport à ces Coutumes Iconoclastes, ce qui va mettre les Catholiques dans une colère noire. Ces doctrines ont un fort écho et provoquent des soulèvements et des affrontements dans le Saint-Empire Romain Germanique et les Protestants sont souvent persécutés pour leur Foi et/ou pour les troubles à l'ordre publique qu'ils provoquent.
Bien sûr ces tensions résonnent dans toute l'Europe et certains Etats n'hésitent pas à les alimenter pour affaiblir leurs ennemis, par exemple l'Angleterre Anglicane soutient les Protestants Français alors que l'Espagne Catholique soutient les Papistes contre eux, officiellement pour défendre leurs Fois respectives. Sauf qu'officieusement les Anglais tentent de récupérer Calais, les Espagnols veulent la Navarre et la Savoie alliée à l'Espagne veut des morceaux d'Italie Française.
Dès 1530, à l’instar du reste du Royaume de France, apparaissent en Auvergne les Luthériens ou « mal sentants de la foi ». On les appelle aussi les Huguenots ou Religionnaires. Certaines personnes sont toutefois suspectées à tort de faire partie de cette mouvance parce qu’ils ne sont pas toujours en phase avec la doctrine Catholique officielle. En gros, un quart des Français embrassent le Protestantisme, un peu moins dans le Massif Central, mais reçoivent le soutient d'une part non-négligeable des Papistes. Issoire accueille une communauté de Protestants assez nombreux qui entretient des relations étroites avec leurs homologues de Genève, qui leur envoie même un Pasteur, Anet Desauches, qui officiera dès l’an 1559. Il sera pendu pour cela, mais un autre reprendra son œuvre. A Aurillac également un Pasteur s’établit en 1561, et plus tard à Saint-Pourçain. En 1562 Catherine de Médicis et Michel de l’Hospital permettent l’Edit de Tolérance autorisant le culte Réformé dans ces trois villes, mais le Protestantisme est relativement marginal dans le reste de la région.
Pourtant la guerre entre Catholiques et Protestants démarre en Auvergne dès 1560, et malgré quelques périodes de paix relative, elle ne s'achèvera qu'en 1598 avec l'Edit de Nantes du Roi Henri IV, reconnaissant des droits et privilèges aux Protestants du Royaume de France.
En 1567 démarre une terrible guerre civile, les Huguenots prennent ou pillent Thiers, Saint-Amant-Tallende, Carlat, Maurs, Vic-en-Carladès, Chaudesaigues, Aurillac, et de là essaient de rejoindre le Bourbonnais pour rallier les troupes du Prince de Condé. Quelques cités sont prises mais rendues contre d'importantes rançons, Les lieux de Culte Catholiques sont systématiquement vidés de leurs richesses par les Calvinistes qui les envoient à Genève (en Suisse, là où leur Communauté était initialement basée) pour les faire fondre ou les vendre aux enchères, les archives sont brûlées et les bâtiments vandalisés.
La seule grosse bataille rangée de la région sera à Cognat-Lyonne en 1568 dans le Bourbonnais. Les Catholiques reprennent Aurillac 1572 où se déroule le fameux massacre de la Saint-Barthélemy. La plupart des autres villes d’Auvergne se limitent à demander l’abjuration des Protestants vaincus, ou incendient celles qui refusent de se rendre.
Dans le Cantal vivait la veuve du Seigneur Guy de Saint-Exupéry de Miremont, nommée Madeleine de Saint-Nectaire, Dame de Miremont. Elle était également Lieutenant-Général pour le Roi en Auvergn, surnommée l'Amazone de son Siècle et la Fière Amazone. Elle était elle-même Huguenote, elle chargea avec ses soldats la Ligue Catholique venue prendre le Château de Miremont en 1574, qu'elle récupérera plus tard grâce aux troupes de Turenne, mettant en déroute ses ennemis. Elle soutiendra les Protestants jusqu'à la fin de la guerre.
En 1585 le Comte de Randan, qui est Gouverneur Royal, adhère à la Sainte Ligue Catholique suivi par les cités de Riom, Issoire, Billom, Ambert et Saint-Flour, décidés à en finir avec les Protestants. Par contre, Henri IV devient Roi de France en 1589, mais il est lui-même Protestant, soutenu par Clermont, Montferrand, Aurillac et Salers. Il est obligé de reconquérir militairement son propre Royaume, à cause de nombreux Seigneurs Catholiques qui refusent de reconnaître un Souverain Religionnaire et de l'Espagne avec son allié Savoyard qui menacent ses frontières et appuient militairement la Sainte Ligue. Le Comte de Randan, lui, meurt lors de la Bataille de Cros-Rolland en Mars 1590. Le Roi est obligé de faire des cadeaux en argent aux autres Seigneurs réticents ainsi que d'abjurer le Protestantisme, se convertissant officiellement au Catholicisme le 25 Juillet 1593, espérant arrêter les hostilités. Pourtant le conflit continue et la victoire finale sur la Ligue Catholique n'arrivera qu'en Décembre 1595, tandis que les dernières villes Auvergnates qui soutenaient le Comte de Randan ne se soumettront au Roi qu'en 1596.
Henri IV signe l'Edit de Nantes le 13 Avril 1598 qui permet aux Huguenots de pratiquer leur Culte en toute légalité, bien qu'ils doivent rendre les bâtiments pris aux Catholiques. Puis la paix avec l'Espagne est officialisée un mois plus tard, ce qui amène un semblant d'apaisement. Bien que les tensions restent palpables surtout en Haute-Auvergne où les deux communautés sont toujours agitées, il n'y aura plus d'affrontements de grande ampleur pendant longtemps. En effet, le bilan humain, matériel et économique de ces guerres est très lourd dans toute la Province comme dans le reste du Royaume, surtout chez les Protestants dont le nombre a fortement diminué.
Article lié : Madeleine de Saint-Nectaire, l'Amazone de Miremont